Présentation

Je suis un jeune chercheur en bioinformatique, actuellement au sein de l'équipe GenScale de l'INRIA de Rennes.

Après un Master en Informatique Théorique, obtenu à l'Université de Rouen Normandie, j'ai préparé mon doctorat sous la direction de Thierry Lecroq et le co-encadrement d'Arnaud Lefebvre, au sein de l'équipe TIBS du LITIS. J'ai soutenu ma thèse en septembre 2019, et ai ensuite été recruté en tant qu'ATER à l'INSA Rouen Normandie, où j'ai pu approfondir mon expérience d'enseignement. Durant cette année, je suis intervenu au sein des départements Sciences et Techniques Pour l'Ingénieur, Architecture des Systèmes d'Information, et Génie Mathématique.

Durant ma thèse, mes thématique de recherche ont principalement porté sur l'étude des données de séquençage à haut débit, et plus particulièrement sur la correction des lectures longues de troisième génération. J'ai ainsi pu développer trois outils différents, permettant respectivement l'évaluation de la qualité de la correction fournie par les différentes méthodes existantes, la correction de lectures longues extrêmement bruitées, et la correction de lectures très longues, appelées ultra-long reads.

En septembre 2020, j'ai rejoint l'équipe GenScale de l'INRIA de Rennes, en tant que chercheur post-doctoral, sous la direction de Claire Lemaitre. Mon travail porte sur l'étude de variants structuraux, à l'aide de données Linked-Reads. Plus particulièrement, j'ai déjà développé un outil et une librairie C++ permettant de traiter les barcodes présents dans ces données, à partir de fichiers BAM et FASTQ, ainsi qu'un outil de déction de variants de structure, réduisant la consommation de ressources par rapport à l'état-de-l'art, et permttant l'analyse d'organismes non-modèles sur lesquels les outils existants ne peuvent être appliqués.

Actualités

  • LRez a été accepté pour une présentation poster à JOBIM 2021. Le projet est également disponible sur GitHub.

  • LEVIATHAN a été accepté pour une communication à JOBIM 2021. Le projet est également disponible sur GitHub.

  • La prépublication de LEVIATHAN est disponible. Le projet est également disponible sur GitHub.

  • La prépublication de LRez est disponible. Le projet est également disponible sur GitHub.

  • CONSENT a été publié dans Nature Scientific Reports. Le projet est également disponible sur GitHub.

Projets en cours