Résumé des publications et communications
Publications dans des revues internationales avec comité de sélection | 4 |
Communications dans des conférences internationales avec comité de sélection | 1 |
Communications dans des conférences nationales avec comité de sélection | 4 |
Communications dans des workshops internationaux | 3 |
Communications dans des workshops nationaux | 4 |
Conférences et séminaires invité | 2 |
Communications par affiche dans des conférences nationales | 2 |
Pré-publications | 2 |
Thèses de doctorat et écrits académiques | 1 |
Total | 23 |
Détails des publications et communications
Publications dans des revues internationales avec comité de sélection
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai. LRez: C++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data. Bioinformatics Advances, 2021.
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment. Nature Scientific Reports, 2021.
- Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset. ELECTOR: Evaluator for long reads correction methods. NAR Genomics and Bioinformatics, 2020.
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. Hybrid correction of highly noisy long reads using a variable-order de Bruijn graph. Bioinformatics, Volume 34, Issue 24, 15 December 2018, Pages 4213-4222.
Communications dans des conférences internationales avec comité de sélection
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment. RECOMB-SEQ 2019, Washington, USA, mai 2019. (slides)
Communications dans des conférences nationales avec comité de sélection
- Pierre Morisse, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre. LEVIATHAN: efficient discovery of large structural variants by leveraging long-range information from Linked-Reads data. Actes des 22èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Paris, France, juillet 2021. (slides (alpha version))
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. Long-read error correction: a survey and qualitative comparison. Actes des 21èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Montpellier, France, juillet 2020. (slides)
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment. Actes des 20èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), pages 54-61, Nantes, France, juillet 2019. (slides)
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. HG-CoLoR: Hybrid-Graph for the error Correction of Long Reads. Actes des 18èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), pages 67-74, Lille, France, juillet 2017. (slides)
Communications dans des workshops internationaux
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment. Data Structures in Bioinformatics (DSB) 2019, Dortmund, Allemagne, février 2019. (slides)
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. Hybrid correction of long reads using a variable-order de Bruijn graph. Data Structures in Bioinformatics (DSB) 2018, Helsinki, Finlande, mai 2018. (slides)
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. Enhanced de Bruijn Graphs. Mathematical foundations in Bioinformatics (MatBio) 2017, Londres, Royaume-Uni, septembre 2017. (slides)
Communications dans des workshops nationaux
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq Arnaud Lefebvre. Impact of the dataset characteristics on the quality of long read error correction. SeqBIM 2019, Marne-La-Vallée, France, novembre 2019. (slides)
- Pierre Morisse, Antoine Limasset, Camille Marchet, Arnaud Lefebvre, Pierre Peterlongo, Thierry Lecroq. LoRSCo: Long Reads Self-Correction. SeqBio 2018, Rouen, France, novembre 2018. (slides)
- Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo. ELECTOR: EvaLuator of Error Correction Tools for lOng Reads. SeqBio 2018, Rouen, France, novembre 2018. (slides)
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. HG-CoLoR: enHanced de Bruijn Graph for the error Correction of Long Reads. SeqBio 2017, Lille, France, novembre 2017. (slides)
Conférences et séminaires invité
- Pierre Morisse. Correction de données de séquençage de troisième génération. Séminaire d'informatique théorique, Rouen, France, mars 2019. (slides)
- Pierre Morisse. Extracting genomic k-mers in long reads. Séminaire Symbiose, IRISA, Rennes, France, décembre 2017. (slides)
Communications par affiche dans des conférences nationales
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai. LRez: C++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2021, Paris, France, juillet 2021. (poster (alpha version))
- Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Arnaud Lefebvre, Pierre Peterlongo, Thierry Lecroq. ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2018, Marseille, France, juillet 2018. (poster)
Pré-publications
- Pierre Morisse, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre. LEVIATHAN: efficient discovery of large structural variants by leveraging long-range information from Linked-Reads data.
- Pierre Morisse, Thierry Lecroq Arnaud Lefebvre. Long-read error correction: a survey and qualitative comparison.
Mémoires
- Pierre Morisse. Correction de données de séquençage de troisième génération. Université de Rouen Normandie, 2019. (manuscrit) (slides)
- Thèse soutenue publiquement le 26 septembre 2019, devant un jury composé de :
- M. Guillaume BLIN, PR, Université de Bordeaux, Rapporteur
- Mme Christine GASPIN, DR, INRA, Toulouse, Rapporteuse
- M. Gregory KUCHEROV, DR, CNRS – Université Paris-Est Marne-La-Vallée, Examinateur
- M. Thierry LECROQ, PR, Université de Rouen Normandie, Directeur de thèse
- M. Arnaud LEFEBVRE, MCF, Université de Rouen Normandie, Co-encadrant de thèse
- M. Pierre PETERLONGO, CR, INRIA Rennes, Examinateur
- Mme Hélène TOUZET, DR, CNRS – Université de Lille, Examinatrice
Prix et distinctions
- Prix SFBI de la meilleure présentation orale lors de la conférence JOBIM 2019, pour l'exposé CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment.
Diffusion scientifique et vulgarisation
Participation à la fête de la science | 2016 - 2019 |
Université de Rouen Normandie
- Vulgarisation des sujets de recherche du département d'informatique
- Activités sous forme de jeux autour de la cryptographie visuelle, de l'exploration de graphes et de l'intelligence artificielle
- Public : élèves de la primaire au lycée