Résumé des publications et communications



Publications dans des revues internationales avec comité de sélection 2
Communications dans des conférences internationales avec comité de sélection 1
Communications dans des conférences nationales avec comité de sélection 3
Communications dans des workshops internationaux 3
Communications dans des workshops nationaux 4
Conférences et séminaires invité 2
Communications par affiche dans des conférences nationales 1
Pré-publications bioRxiv 2
Thèses de doctorat et écrits académiques 1
Total 19



Détails des publications et communications

Publications dans des revues internationales avec comité de sélection
  • Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset. ELECTOR: Evaluator for long reads correction methods. NAR Genomics and Bioinformatics, 2020.
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. Hybrid correction of highly noisy long reads using a variable-order de Bruijn graph. Bioinformatics, Volume 34, Issue 24, 15 December 2018, Pages 4213-4222.
Communications dans des conférences internationales avec comité de sélection
  • Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment. RECOMB-SEQ 2019, Washington, USA, mai 2019. (slides)
Communications dans des conférences nationales avec comité de sélection
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. Long-read error correction: a survey and qualitative comparison. Actes des 21èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Montpellier, France, juillet 2020. (slides)
  • Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment. Actes des 20èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), pages 54-61, Nantes, France, juillet 2019. (slides)
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. HG-CoLoR: Hybrid-Graph for the error Correction of Long Reads. Actes des 18èmes Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), pages 67-74, Lille, France, juillet 2017. (slides)
Communications dans des workshops internationaux
  • Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment. Data Structures in Bioinformatics (DSB) 2019, Dortmund, Allemagne, février 2019. (slides)
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. Hybrid correction of long reads using a variable-order de Bruijn graph. Data Structures in Bioinformatics (DSB) 2018, Helsinki, Finlande, mai 2018. (slides)
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. Enhanced de Bruijn Graphs. Mathematical foundations in Bioinformatics (MatBio) 2017, Londres, Royaume-Uni, septembre 2017. (slides)
Communications dans des workshops nationaux
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq Arnaud Lefebvre. Impact of the dataset characteristics on the quality of long read error correction. SeqBIM 2019, Marne-La-Vallée, France, novembre 2019. (slides)
  • Pierre Morisse, Antoine Limasset, Camille Marchet, Arnaud Lefebvre, Pierre Peterlongo, Thierry Lecroq. LoRSCo: Long Reads Self-Correction. SeqBio 2018, Rouen, France, novembre 2018. (slides)
  • Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo. ELECTOR: EvaLuator of Error Correction Tools for lOng Reads. SeqBio 2018, Rouen, France, novembre 2018. (slides)
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq and Arnaud Lefebvre. HG-CoLoR: enHanced de Bruijn Graph for the error Correction of Long Reads. SeqBio 2017, Lille, France, novembre 2017. (slides)
Conférences et séminaires invité
  • Pierre Morisse. Correction de données de séquençage de troisième génération. Séminaire d'informatique théorique, Rouen, France, mars 2019. (slides)
  • Pierre Morisse. Extracting genomic k-mers in long reads. Séminaire Symbiose, IRISA, Rennes, France, décembre 2017. (slides)
Communications par affiche dans des conférences nationales
  • Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Arnaud Lefebvre, Pierre Peterlongo, Thierry Lecroq. ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) 2018, Marseille, France, juillet 2018. (poster)
Pré-publications bioRxiv
  • Pierre Morisse, Thierry Lecroq Arnaud Lefebvre. Long-read error correction: a survey and qualitative comparison.
  • Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment.
Mémoires
  • Pierre Morisse. Correction de données de séquençage de troisième génération. Université de Rouen Normandie, 2019. (manuscrit) (slides)
  • Thèse soutenue publiquement le 26 septembre 2019, devant un jury composé de :

    • M. Guillaume BLIN, PR, Université de Bordeaux, Rapporteur
    • Mme Christine GASPIN, DR, INRA, Toulouse, Rapporteuse
    • M. Gregory KUCHEROV, DR, CNRS – Université Paris-Est Marne-La-Vallée, Examinateur
    • M. Thierry LECROQ, PR, Université de Rouen Normandie, Directeur de thèse
    • M. Arnaud LEFEBVRE, MCF, Université de Rouen Normandie, Co-encadrant de thèse
    • M. Pierre PETERLONGO, CR, INRIA Rennes, Examinateur
    • Mme Hélène TOUZET, DR, CNRS – Université de Lille, Examinatrice

Prix et distinctions
  • Prix SFBI de la meilleure présentation orale lors de la conférence JOBIM 2019, pour l'exposé CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment.
Diffusion scientifique et vulgarisation
Participation à la fête de la science 2016 - 2019
Université de Rouen Normandie
  • Vulgarisation des sujets de recherche du département d'informatique
  • Activités sous forme de jeux autour de la cryptographie visuelle, de l'exploration de graphes et de l'intelligence artificielle
  • Public : élèves de la primaire au lycée